De (intraveneuze) behandelduur van sepsis/bacteriëmie is onder meer afhankelijk van de specifieke verwekker, de bron van de infectie, het onderliggend ziektebeeld, comorbiditeit van de patiënt, de aanwezigheid van vreemd lichaamsmateriaal en of er een persisterende bacteriëmie is. Hieronder volgen enkele algemene richtlijnen:

Gram negatieve verwekkers:

• Gram-negatieve enterobacteriacae: 14 dagen
• Haemophilus influenzae: 10 dagen
• Neisseria meningitidis: 7 dagen

Streptokokken:

• Streptokokken: 10 dagen
• Groep B streptokokken bij de neonaat: 10 dagen (meningitis uitgesloten); 14-21 dagen indien meningitis niet uitgesloten
• Enterokokken: duur afhankelijk van het focus, vaak 7 dagen. Bij verwijderen van de bron (lijn, infuus), klinisch opknappen en geen tekenen van ongoing sepsis kunnen antibiotica eerder gestaakt worden

Stafylokokken:

• Coagulase negatieve stafylokokken: 7 dagen. Bij verwijderen van de bron (lijn, infuus), klinisch opknappen en geen tekenen van ongoing sepsis kunnen antibiotica eerder gestaakt worden.
• Ongecompliceerde Staphylococcus aureus infecties =  minstens 14 dagen
• Gecompliceerde Staphylococcus aureus infecties = bij onbekende bron, complicaties en/of persisterend positieve bloedkweken na 72 uur behandeling: behandelduur 4-6 weken

In overleg met de microbioloog of kinderinfectioloog kan van bovenstaande behandelduur worden afgeweken; Gram negatieve sepsis kan soms korter behandeld worden dan 2 weken. In sommige gevallen kan in geval van problemen met intraveneuze toegang na overleg oraal worden uitbehandeld.